No se debe de desconectar porque el motor no funcionará bien y en algunos modelos si se manipula la alarma el sistema bloquea los electro ventiladores para que el vehículo se dañe ya que detecta robo y está diseñado para que no llegue muy lejos, lo mejor ea repararlo, comprueba que cierren bien las puertas y el maletero y los sensores marquen que están cerradas, otro problema podría ser porque no lee bien la llave de arranque que usas y por eso se para o no arranca, prueba con la de repuesto si tienes o conecta un escáner y comprueba el sistema
A mi me pasa lo mismo está bloqueado el sistema de seguridad y no enciende el motor que debo hacer, ya le metimos el escáner y nada los seguros cierran manualmente que puedo hacer