Creo que se que podría estarte pasando, hay un pequeño botón o interruptor que lo que hace es que permite la entrada de aire del exterior, tiene un símbolo de un carrito como con una flecha entrando por enfrente, ponlo en el que tiene como una flecha girando dentro del carro, eso evita que entre aire del exterior. Funciona en carretera, porque el aire esta mas fresco por la velocidad, pero como en la ciudad estas detenido, entra el aire caliente y por eso no sientes que enfríe.
Otra cosa que podría ser en caso de ser algo eléctrico, es el ventilador del motor, puede que como no esta enfriando bien no se enfríe el motor y por lo tanto se transmita el calor al sistema de aire acondicionado. Espero te sea de ayuda.