Mi caja golpea al hacer los retrosesos no siempre pero golpea y se sienten bruscos los cambios

Mi tracker 2002 motor j20a 4cilindros tiene una pequeña vibracion cuando me paro en semaforos y dejo el cambio puesto también da un golpe cuando aplico el cambio las rpm estan de 950 a 1000 solo lo ase cuando el motor tiene la temperatura por encima de un cuarto no tiene el termostato cuando esta frio no lo hace en frio esta perfecto ya limpie cuerpo de aceleración , puse bujias, cambie aceite, y puse soportes originales a le desconecte el cable que ba del acelerador a la transmisión porque con el conectado el golpe que da la transmisión es mas fuerte